Nel sotterraneo della Chiesa, nel 1823, per volere della Duchessa Maria Luigia, fu costruita una "Cripta-Sacrario" ove furono riportati i resti mortali di dodici tra principesse e duchesse e quattordici tra duchi e principi Borbone e Farnese.

Al centro è collocata la tomba di Alessandro Farnese, il grande Generale dell'armata spagnola, vincitore della guerra di Anversa e della battaglia di Lepanto, morto nel 1592.

Il sepolcro, scolpito in pietra viva, contiene anche il cadavere della moglie Maria di Portogallo morta nel 1577.

In un piccolo loculo è conservato il cuore di Carlo III° di Borbone, ultimo duca di Parma, custodito in un'urna di cristallo e d'argento.